Быстрое гугление находит следующее:
1) есть пакет R, который позволяет работать с графикой из D3.js
https://blog.rstudio.com/2018/10/05/r2d3-r-interface-to-d3-visualizations/2) есть симпатишная JS библиотека для отрисовки диаграмм венна, которая зависит от D3:
https://github.com/benfred/venn.js/Последний пример вообще круто выглядит - все пересекающиеся области подсвечиваются.
М.б. такая комбинация сработает? В любом случае придется сам виджет готовить на JS и передавать ему данные из R с помощью r2d3.