Спросите себя, что вам нужно. Если интерактивность прямо не нужна, но нужны красивые, понятные и функциональные графики - ггплот. Если прямо вот надо выделять зоны на графике, фильтровать по легенде - делайте плотли.
Изучать громкое слово. К тому же есть функция ggplotly, которая превращает ggplot объект в plotly виджет. На любителя (я вообще считаю, что она за гранью добра и зла), но можно попробовать