IS
1. что делают
group_by
аж две штуки? и по сути они не нужны и ungroup
нет2. что делает
mutate
без присвоения переменной?3. вместо группы
!is.na
лучше использовать tidyr::drop_na
или df %>% filter(complete.cases(.))
ну или еще что-нибудь.