ПЛОХИЕ НОВОСТИ ПО НОВОМУ ШТАММУ
Повторное заражение SARS-CoV2 у пациента с антителами.
78-летний пациент с рядом хронических заболеваний находится на регулярном гемодиализе ("искусственная почка") и периодически проходит тестирование на SARS-CoV2. Первый эпизод ковида у пациента был зафиксирован 2 апреля 2020, единственным симптомом было повышение температуры, пациент перенес ковид в лёгкой форме на дому, диагноз подтверждён ПЦР.
В период с 5 мая по 1 декабря пациента 22 раза тестировали на SARS-CoV2 методом ПЦР с отрицательным результатом. В период с 4 июня по 13 ноября пациента 6 раз тестировали на IgM/IgG антитела к SARS-CoV2 (N-белку) с положительным результатом, без признаков снижения уровня антител.
8 декабря очередной рутинный TMA-тест мазка из носа и горла оказался положительным, как и повторный RT-PCR тест 14 декабря. 14 декабря пациент был доставлен в госпиталь на скорой в критическом состоянии, с тяжелой гипоксией и одышкой, был интубирован и госпитализирован в отделение интенсивной терапии. Второй эпизод ковида сопровождался тяжёлой пневмонией, инфарктом миокарда и другими осложнениями.
Госпиталь выполнил полногеномное секвенирование образцов от 2 апреля и от 8 декабря. Филогенетически второй изолят принадлежал к линии B.1.1.7 и накопил 18 аминокислотных замен по всему геному (замены N501Y, A570D, D614G, P681H, T761I, S982A, D1118H, делеции Y144 (21991-21993) и HV 69-70 (21765-21770) в спайк-белке).
Результаты полногеномного секвенирования подтверждают повторное инфицирование другой линией (новый вариант VOC-202012/01 линии B.1.1.7) через 8 месяцев после первоначального заражения в отсутствие значительного иммунодефицита.
Новый вариант характеризуется многочисленными мутациями в области шипа, которые вызывают ускользание от ПЦР-диагностики с использованием гена «S» в качестве мишени для амплификации. Многочисленные мутации в шипе также вызывают вопросы о возможном ускользании нового варианта от иммунитета (в том числе поствакцинального) и о вероятности реинфекции.
Регулярный ПЦР-скрининг наших диализных больных и возможности госпиталя по полногеномному секвенированию позволили подтвердить повторное инфицирование в этом случае.
Незадолго до повторного заражения у пациента определялись антитела к N-белку SARS-CoV-2, однако данных об антителах к S-белку у нас нет, определение нейтрализующих антител в процессе. Первое заражение сопровождалось легким течением инфекции, при втором заражении течение ковида было тяжелым, пациент находился в критическом состоянии. Ранее также сообщалось о более тяжелом заболевании во втором эпизоде подтвержденных повторных инфекций, не вызванных вариантом VOC-202012/01.