Artem
Если Вы ключи ЭП получаете в стороннем УЦ, то лицензируемый вид деятельности Вы не осуществляете (у УЦ должна быть лицензия ФСБ).
Получаете ключи для себя и второго участника, обмениваетесь открытыми ключами и можете шифровать данные друг для друга (реализовать можно по-разному).
Обратите внимание на область действия ключей ЭП (указывается в сертификате ключа ЭП).
Получение ключа для 2-го участника, подразумевает последующую передачу полученного ключа этому участнику. А распространение ключевой информации, уже лицензируемая деятельность, если я не ошибаюсь. Т.е. лучше, чтоб все сами ключи в УЦ получали.