Варианты
1. "Схлопнуть руками" и провести инвентаризацию, чтобы вывести остатки
2. Загрузить номенклатуру заново, а старую убрать в неприметную папку, пометив на удаление.
3. Схлопнуть по ряду признаков с помощью обработки, которую вам напишет какой-нибудь нормальный программист, который знает - что такое характеристики