Очень странное поведение баз у меня. Сделал в контрагенте реквизит, в котором указал пользователя. Синхронизирую данные. Где-то после синхронизации пользователь нормально встал, а где-то появились битые ссылки. Причем те, которые побились - тоже нормально синхронизируются. Я у них полное имя менял. Оно становилось одинаковым в обеих базах.