Задача выполняется обходом ТекстовыйДокумент + СтрРазделить
Создаешь из этого дела ТаблицуЗначений.
ТаблицуЗначений в запрос, левым соединением присоединяешь ссылки на существующие документы.
И созданием обновлением по результатам запроса документов в транзакции
Тобишь если есть ссылка - МояСсылка.ПолучитьОбъект(), если нет - Документы.МойДокумент.Создать()
Ну и затем МойОбъектДокумента.записать();