А что, не законно часть выплатить через банк, а часть через кассу?
законно совершенно, но для этого должен быть волеизлевление человека, т.е. он в ручную это должен сообщить, в данном случае он у вас сообщил что хочет получать через кассу, и логичено что в зарплатную ведомость он не попадает