1) если по простому - сам конфигуратор может прятать сорцы
2)
http://www.v8-zk.ru/3) выноси логику на сервер, продавай как saas
4) выноси логику во внешнюю компоненту, с привязкой к железу/ключам
Вот аж 4 варианта.
Но учти, те кто будут это поддерживать - тебя будут матом крыть, в случае желания своих доработок)