Объясняю на пальцах:компилятор компилирует все япы МЭК (за исключением отщепенцев типа Семёнс) в одинаковый объектный код, который статически связывается с кодом ОСРВ или РТОС (одно и то же). Программа может залить в ПЗУ пользовательскую задачу отдельно (если не менялся конфиг РТОС-таймеры, прерывания, сетевые интерфейсы) либо её же вместе с РТОСом, который тоже каждый раз пересобирается, когда вы меняете конфигурацию ПЛК