отдельный быстрый мк нужен и хороший ацп, не хуже 13бит. Кастомизировать короче можно, но это не быстро.
Проблема в том, что прямоугольный сигнал ацп должен мочь принять, тогда это должны быть определенной длительности пачка импульсов, как сказал сифун. Можно поиграться количеством импульсов, но хз, сможет ли мк это обработать.