Да через флаг переменную я это делаю. Если нашлась нужная последовательность байтов, Создаётся файл newFile, ему даётся название через sprintf учитывая значения counter'a. Закончилась его запись, т.е. начался второй файл с нужнлй последовательностью - закрылся файл, открылся обратно newFile - задалось новое название, пошла новая запись. И так по кругу