Из говна и палок: измеряешь НАПРЯЖЕНИЕ на холостом ходу батарейки (без нагрузки) это E, дальше нагрузкой резистор в 10-100Ом R. Измеряешь падение на резисторе,получаешь U = I*R, R известно, так что I = U/R.
Дальше по формуле E = I*R + I*r вычисляешь r, иначе говоря r = E/I - R.