MA
"первая причина это ты,
а вторая - все все твои мечты"
(Шучу)
Например
1) в alias сложно добавить логику, 2) использовать env с логикой
3) использовать результаты выполнения других команд
4) alias лучше использовать для сокращения названий ваших скриптов с ключами как например ll = ls -lah, для ваших скриптов например можно
alias ctop = my-ctop --key1 --key2=val2
Можно и дальше продолжать список, но вектор вам должен быть понятен, особенно когда вы держите ваши файлы в репе и периодически обновляете