Мы xtrabackup пока в хвост и гриву используем, но 2.1 :)
И эти люди говорят них проблемы :)))
Я понимаю древний MySQL использовать, но command line тулзу... Вот нет оправданий вообще. Там же ни откатов в случае чего не нужно делать если что-то сломалось вдруг. Upgrade состоит только в один раз попробовать сделать бэкап и восстановить его. Так это в любом случае периодически нужно делать.