Либо оно на гтк2(не знаю работает или нет), либо сие происходит из-за того, что запускается от рута
нет, окружение не рутовое, только id рутовый, можно изменить на тёмную гтк-тему у пользователя и тогда оно запуститься в тёмном виде, отличном от всех приложений Qt