Я имею ввиду изначальные настройки)
Смотря настройки чего.
Зачастую нормальной работе системы от юзера мешают мусорные/битые конфиги, скопившиеся в хомяке. При таком раскладе может помочь проверка работоспособности свежезаведённым пользователем.
А уж если после этого всё плохо, надо отматыватьцелую кучу системных конфигов. В каковом случае проще виндоподход: снести всё нафиг как курочка деду яичко, и поставить с нуля.