Проблема с неработающим репозитарием решилась! Подсказал знакомый админ! Проблема была в часах внутри виртуалки, они почему-то отстали. Поправил - заработало!
А смысл держать клиента НТП в виртуалке? Она спокойно возьмёт время хост-системы. Вот на этой — да, нтп-клиент обязательно нужен.
Не сработало для pinta, но сработало для LO Base. А ещё, как эту настройку куда-нибудь сохранить, чтобы при запуске из терминала или без него тема применялась.