Мб у вас есть, например, два конфига, через ENV-ы и в airflow.cfg. И у них выставлены разные БД, например airflow и postgres. И вы сделали init db не на ту. Правда, это не отменяет вопроса, почему сам Аерфлоу при инициализации все миграции не применил. Потому я бы заодно вбросил за то, что у пользака аерфлоу может не быть прав на изменение структуры БД, но вы бы это сами уже увидели, наверное.