У меня эти изменения сохраняются, но сам терминал их не юзает. даже если я кастомные переменные делаю, то после нажатия ок они сбрасываются
Да, у меня то же самое. И даже если я почистил .ruby-version/gemset все равно не юзает новые пути. Я поэтому все ревернул в Tools->Terminal