many-to-many это термин из реляционных БД - и там, естественно, имеется в виду каноническая реализация связи с помощью третьей таблицы
id-шники в массиве - это из NoSQL мира (в современных СУБД и как бы "реляционных" можно этот паттерн воспроизвести)
можно на профанном уровне связью many-to-many называть любой из вариантов реализации двусторонней "многозначной" связи, но это не соответствует принятой проф. терминологии :)