То что ты описываешь - часто на маке под докером происходит из-за проблем с прокидыванием volume. Там надо включать кэширование как-то. Так как у меня мака нет - не могу точнее сказать.
А подскажи пожалуйста у тебя контейнер с приложением от рута работает?
Да. Не вижу в этом ничего плохого. За исключением того, что вновь сгенерированные файлы нужно через chown прогонять локально. В принципе можно заморочиться и создать одноимённого пользователя внутри контейнера