а чекни данные в этот день. может там какая то аномалия в плане низкой уникальности строк и тп (тое самое кардиналити), и поэтому мускул переключается в такой режим
ну там еще помню был фактор размера табла и как оно в память помещается (в зависимости от влазит или не влазит - там тож переключатель фул скан или фулл индекс срабатывает)