Смысл фриза в том, чтобы ты зафиксировал точные версии всех пакетов, которые у тебя установлены, и разворачивал их в другом окружении по этому файлу в точном соответствии с текущим. Поэтому он включает все пакеты, которые участвуют в разрешении зависимостей.
ну а смотрите, если я фиксирую пайтест на определенную версию, а остальные пакеты не фиксирую, разве пайтест определенной версии не поставит себе нужные пакеты определенной версии?