Да, обязаны. Просто в параллельной вселенной административного утройства они болтаются по-другому.
Просто в уставе как раз написано, что все муниципальные образования в составе НН автоматически упраздняются. Населённые пункты висеть в воздухе не могут, поэтому должны войти в состав НН и самостоятельными уже не являются. Или я что-то упустил и у них при этом осталось, например, самоуправление или администрация?