Нет в жизни совершенства. Чтобы gitbook нормально нумеровал разделы, структура обязательно должна быть двухуровневой.
А в качестве оглавления он показывает на первой странице названия первой главы каждого раздела.
Что вынуждает делать в каждом разделе фиктивную главу, название которой совпадает с названием раздела, иначе в "оглавлении" начинается полный хаос.
Это я пытаюсь свою книгу начать перетаскивать из гуглодоксов в гитбук.
https://pavel-gavrilov.gitbook.io/digital-map-using-course-rus/Но зато можно, создав книгу, редактировать её главы на телефоне, а потом отправлять результат в репозиторий на гитхабе.