Потому что название города попало в европейские языки, когда Москва ещё называлась Московь (как морковь), а реки — только в новейшее время, когда название уже стало современным
о-па, значит вообще всё что не засветилось в истории можно транслитерировать. ну не попало древнее название в европейские языки, ТАК СЛОЖИЛОСЬ )