Посоветовать могу, не удалять точку, если будешь перерисовывать, а использовать её в будущем полигоне. Чтобы сохранилась история объектов. Но как это сделать безболезненно — не знаю. Потому и этого советовать не стану.
building_tools может переносить теги с точки на контур при обрисовке