1. тычешь в остановку, слева список отношений (маршруты), в которые она входит
2. тычешь в отношение, слева внизу будет список отношений (мастер-маршрут), в которое входит это отношение
3. тычешь в него, получаешь список участников, жмёшь на каждом корзину. после удаления всех участников, отношение удалится тоже
4. возвращаешься в пункт 1, удаляешь участников (дороги и остановки).