Ну у вас они хотя бы в рамках одного субъекта. А города федерального значения - это же совсем другое, не похожее на остальные регионы. Питер - не часть ЛО
Но это пункт про местоположение органов власти. Если в уставе нет другого пункта именно про административный центр, которым назначен Питер, то можно менять. Если есть - вопрос. Возможно и правда два admin_centre, раз чиновники так учудили