Ещё можно просто заглянуть в папку с питоном и увидеть что там осталось висеть на старом питоне и подумать что с этим делать

значит логика такая
1. я нудно потрошу вручную вывод emerge --depclean и то что мне нужно или то что знаю - добавляю в ворлд через --noreplace
2. потом делаю таки emerge --depclean и выношу туеву хучу пакетов из системы
3. делаю обновление ворлда
4. делаю снова emerge --depclean
5. Теперь проверяю с помощью revdep-rebuild -p и делаю revdep-rebuild чтобы восстановить возможно порушенные зависимости
так?

Это для перехода на 3.9 ?

не, избавление от 2.7 ))

3.9 не ставил, в мейк прописаны 3.7 и 3.8

2.7 вроде уже сам должен отвалиться был

equery d dev-lang/python:2.7 что показывает ?

читаю eselect news read 63

* These packages depend on dev-lang/python:
dev-python/asn1crypto-0.22.0 (>=dev-lang/python-2.7.5-r2:2.7[threads(+)])
dev-python/bz2file-0.98 (>=dev-lang/python-2.7.5-r2:2.7)
dev-python/enum34-1.1.6-r1 (python_targets_python2_7 ? >=dev-lang/python-2.7.5-r2:2.7)
dev-python/funcsigs-1.0.2-r1 (>=dev-lang/python-2.7.5-r2:2.7)
dev-python/mock-3.0.5-r1 (>=dev-lang/python-2.7.5-r2:2.7)
dev-python/pyasn1-0.4.2 (>=dev-lang/python-2.7.5-r2:2.7)
dev-python/pyblake2-1.1.2 (>=dev-lang/python-2.7.5-r2:2.7)

но самого питона 2.7 у меня нету уже, удалил

А в папке с пакетами установленными для питона 2.7 что-то есть ?

это где? )

Из числа вышеперечисленных ?

/usr/lib/python3.9/site-packages

все эти папки есть и еще всяких

загляни сюда /usr/lib/python2.7/site-packages если что-то там есть, то нужно пересобрать эти пакеты, после этого они должны из этой папки уйти

и dev-python/enum34 точно не нужен без питона 2.7

dev-python/pyasn1 и dev-python/pyasn1-module пересобери

а этого уже в портаже нет dev-python/bz2file

остальное тобою упомянутое можно снести я думаю без опаски