у меня все больше приложений ставятся из флатпака и пока работают без нареканий :)
Я вообще не заморачиваюсь. Если нет в репах, ставлю флатпак и отлично работает. Если на Федоре это не так актуально, то на RHEL/CentOS порой это это основной источник (vlc, или телеграм)