Еще раз, Флатпак — это новая технология, которая все ещё внедряется и развивается. DNF ничего не ломает. И в зависимости от ситуации иногда уместно одно, иногда другое. Лично я жду когда в Flatpak будут качественные сборки большинства приложений. Не со всеми это так.
Ещё раз, контейнерам уже лет пять. Разработчики дистрибутивов прямо навязывают Flatpak/Snap, предлагая искать десктопные приложения сначала там, и даже штатные DE, навроде GNOME, предустанавливают оттуда. Но при всем этом разработчики приложений как-то слишком вяло поддерживают эту инициативу.