1) контроль - это свобода. Не всегда нужно трекать и следить за людьми, иногда от этого только хуже будет. Ну сидит человек и что? По коммитам и другому инпакту в проект можно оценить, в зависимости от задач.
2) какие данные NDA? А что Васе мешает прийти к вам в контору а потом выйти и все рассказать Серёже. Есть различные процедуры по защите конфиденциальных данных, подписывать NDA также эффективно с удаленщиками как и с обычными, я не вижу различий.