Ну честный ответ такой: когда мы сделали vagga docker-compose еще и в планах не было. С тех пор я не пробовал docker-compose.
Было бы хорошо если бы кто-то, кто часто использует docker-compose попробовал vagga и отписался какая в этом разница. Ну или я бы позадавал вопросы человеку кто пользуется docker-compose регулярно, здесь в комментариях, потому в каких-то штуках про него я могу ошибиться.
Из того что навскидку: вот есть у вас проект с тестами и документацией. Что должен запускать docker-compose up, проект же, верно? Как запустить тесты? Как собрать документацию? Это отдельные docker-compose файлы? Но как минимум контейнеры для тестов зависят от основных контейнеров, верно? Как это записать в docker-compose?
Еще вопрос, нужно ли запускать docker-compose build после каждого git pull?