ваше сотрудничество с нашей организацией способствовало успеху проекта X вроде нормальный русский язык
но "спасибо за ваше сотрудничество" — не нормальный, потому что благодарность направлена человеку, которого ты благодаришь, потому то, что сотрудничество было именно с ним — подразумевается выражением этому человеку благодарности