чтобы сделать два разных пулл реквеста надо сделать две разные ветки, обе начинаются от оригинального мастера (ну или куда делаешь пулл реквесты) и каждая содержит только те изменения, которые должны быть в этом пулл реквесте
а вообще советую просто немного потратить времени на то, чтобы научиться представлять себе эти графы и оперировать ими. Рекомендую книжку git magic (волшебство гит) - читается за пару часов вся. Ну и поиграть в git branching game.