Возможно было бы проще обновления выкатывать когда все в одной папке.. путь куда бинарь обычно ложат лучше бы сказал.. А я уже подумаю
Смотря как обновления выкатывать. Если это будет пакет - то, да, нужно делать, как принято в дистрибутиве. Если на свои корпоративные сервера - то тут уже как принято. Если совсем всё своё - как удобно )