В свое время выбрал его. Были попытки перейти на что-то другое.
Минус JOOQ- отсутствие поддержки кастомных типов полей, плюсы - модульность, качественный кодогенератор и DSL для сборки запроса.
И минус для меня не является минусом, т.к. модель JOOQ я использую только в слое DAO.
Что бы ты предложил использовать?