Точно есть ipykernel, я с ним работал, когда мне надо было настраивать ядра для новых сред в анаконде. А чтобы не делать так постоянно руками, есть расширение nb_conda_kernels для jupyter. Оно автоматически подключает все кернелы, что есть во всех средах конды. У меня не было случая, когда мне нужно было системные питоны подключать, возможно, есть решение, как в ipykernel прописать конкретный системный питон или вдруг nb_conda_kernels их увидит.