Привет, да, вот конкретно от лейкемии на самом деле ух как придумали. Вот кривые выживаемости детей с острой лимфобластной лейкемией из детской исследовательской больницы Сент-Джуд (Pui & Evans, Semin Hematol 2013). За 50 лет "90% детей с ОЛЛ умирают" превратили в "90% детей с ОЛЛ излечивают".

Чатик, а подскажите какие-нибудь хорошие материалы, чтобы примерно с нуля вкурить транскриптомный анализ?

Друзья!
Распространите, пожалуйста:

Планы по проекту iGEM

Пока новость про нашу победу на конкурсе iGEM 2020 активно распространяется, мы продолжаем работать над проектом iGEM и детектором HaploSense. Причем сразу по нескольким направлениям:

- Сейчас мы договариваемся о дальнейшем сотрудничестве с НКО "Вместе против гепатита", готовим материал про гепатит С, общаемся с экспертами по поводу применения HaploSense для других вирусов.

- Конечно, мы с нетерпением ждем открытия и начала работы в лаборатории, поскольку наш детектор нужно протестировать прежде, чем выполнять дальнейшие шаги.

- Мы хотим, чтобы Россия участвовала в iGEM на регулярной основе, поэтому уже начали приглашать новых ребят на 2021 год. В конце неделе объявим о первых семинарах для новых участников! Если вас интересует iGEM, то скорее присоединяйтесь к нам - https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLScMcOlCt-Lnfb8lss56WUf_DODc-PPWwwAkIUkr4PFqbiI2dg/viewform?usp=sf_link

Новости про нашу команду и интервью с нами уже опубликовали:

meduza - https://meduza.io/news/2020/11/23/studenty-mgu-poluchili-zolotuyu-medal-na-konkurse-po-biotehnologiyam-igem-2020

Вести. ру - https://www.vesti.ru/nauka/article/2489617

Общественное телевидение России - https://otr-online.ru/news/uchenye-iz-mgu-poluchili-zolotuyu-medal-na-konkurse-po-bioinzhenerii-167997.html

Indicator - https://indicator.ru/biology/eto-dostupno-vo-vsekh-medicinskikh-punktakh-strany-dve-poloski-v-teste-na-gepatit-s.htm

Чатик, а подскажите какие-нибудь хорошие материалы, чтобы примерно с нуля вкурить транскриптомный анализ?

Чатик, а подскажите какие-нибудь хорошие материалы, чтобы примерно с нуля вкурить транскриптомный анализ?

Пробежался глазами по двум курсам.
http://diytranscriptomics.com/: учат примерно одному пайплайну, но много downstream анализа и работы в R.
http://rnabio.org: несколько разных пайплайнов, упор на типы данных и работу с ними (но мало downstream, он другой).
В обоих курсах объясняют сам эксперимент.

Спасибо! Мне из всего транскриптомного, пожалуй, дифэкспрессия самое важное

ну в плане есть ли уже более-менее понимание частоты fusion genes и сколько известно новых driver-мутаций с их участием, делают ли крутые ингибиторы или пока максимум это BCR-ABL1 задавить, смотрят ли все RNA-Seqом или в ходу до сих пор FISH и PCR

ну в плане есть ли уже более-менее понимание частоты fusion genes и сколько известно новых driver-мутаций с их участием, делают ли крутые ингибиторы или пока максимум это BCR-ABL1 задавить, смотрят ли все RNA-Seqом или в ходу до сих пор FISH и PCR

Driver событий с их участием гораздо больше, чем BCR-ABL.

Лимфомы - это понятно.

Но в других раках тоже (саркома Юинга (EWSR1), аденокистозный рак (MYB), рак простаты (TMPRSS2-ERG), немелкоклеточный рак лёгких (ALK, ROS1, RET)).

Просто одно дело - выявить рекуррентный фьюжен.
Второе - показать, что он драйвер (вроде у вышеперечисленных они все драйверы).
И третье - это как-то научиться их таргетить...

В свое время делал классификатор для драйверов и да, есть такой парадокс что вроде рекуррентные почти все драйверы, но нельзя исключить просто влияния положения в 3D геноме на частоту fusion