Вода потом, уже в моделировании. А на этапе пдб больше всего энергии выделяется на неверно вписанных asn, gln и his)
помогите. По какому принципу gmx traj_conv выводит, эм, бокс и чейны? у меня траектория с битыми индексами, куда-то пропал один ак остаток и белок порвало, но из некоторых фреймов экспорт работает еще кое как, а из остальных все атомы навалены в кучу и никаких следов чейнов и индексов. Куда они пропадают и куда мог пропасть целый остаток из середины белка?