Хотелось посмотреть на глюкозил-гидроксиметилцитозин (glc-HMC).
Я читала про SMRT секвенирование от pacbio, где замеряют IPD параметр (если правильно понимаю, он зависит от скорости работы полимеразы, которая притормаживает (почему?) перед модифицированным основанием).
Поскольку я хочу посмотреть на фаговую ДНК, то наверно я смогу сделать фага без модификаций чтобы использовать как контроль для измерения IPD параметра. Из-за отсутствия опыта, не очень понятно, где могут быть подводные камни и насколько мой контроль может улучшить качество анализа. А есть какие-то другие распространенные методы исследования, о которых можно почитать?
Ух, мда, это модификация необычная, я особо не знаю про это. Пакбио в теории любые модификации может находить, если анализ сделать хорошо, вроде, и нанопоровое секвенирование тоже. Но да, там надо как-то делать обучающую выборку молекул с модификациями и без, и дальше тренировать модель... Но я как бы вообще не спец в таком, сорри