R
А сколько примерно нужно для такого
Size: a a a
2021 March 15
M
А сколько примерно нужно для такого
160 гигов примерно
M
Для indexing
R
160 gbit?
M
160 gbit?
Там можно зафорсить в гигабайты, но да 160 гигабит
R
Поняла, спасибо
RS
Я пытаюсь к референсному геному (GRCh38.fasta) применить hisat2-build , он строит файлы *.ht2 но в какой-то момент пишет "Doing ahead-of-time memory usage test" и вылетает
Не может ли это быть связано с тем, что у меня не хватает оперативной памяти ноутбука? Или где искать ошибку?
Не может ли это быть связано с тем, что у меня не хватает оперативной памяти ноутбука? Или где искать ошибку?
какой код ошибки? или текст ошибки?
R
какой код ошибки? или текст ошибки?
Doing ahead-of-time memory usage test
Killed
Никаких error нет
Killed
Никаких error нет
Y
Наверняка действительно RAM.
Попробуй проследить за потреблением оперативной памяти через System monitor после запуска
Попробуй проследить за потреблением оперативной памяти через System monitor после запуска
RS
Наверняка действительно RAM.
Попробуй проследить за потреблением оперативной памяти через System monitor после запуска
Попробуй проследить за потреблением оперативной памяти через System monitor после запуска
да. начните с этого.
Y
Но с 1.2 Gb не представляю как выравнивать риды. И при дальнейшем анализе будет сложно
R
Спасибо большое за помощь!
M
Наверняка действительно RAM.
Попробуй проследить за потреблением оперативной памяти через System monitor после запуска
Попробуй проследить за потреблением оперативной памяти через System monitor после запуска
Господи, просто посмотрите в спецификацию софтины и все если не знаете требований, зачем эти лишние телодвижения)))
ML
Всем привет! Прошу прощения за оффтоп, но если кто-то делал/делает визу в университет США по PhD или Ms в последнее время отпишитесь по поводу административной проверки, можно в ЛС.
A
Maxim Larionov
Всем привет! Прошу прощения за оффтоп, но если кто-то делал/делает визу в университет США по PhD или Ms в последнее время отпишитесь по поводу административной проверки, можно в ЛС.
напиши на форум Винского, там есть отдельная тема учебной визы.
ML
напиши на форум Винского, там есть отдельная тема учебной визы.
Спасибо
SK
Кто то обновил R до верси 4.0 на кластере, теперь мне нужно переустановить все пакеты - есть какой то норм способ?
А то щас устанавливаю dplyr, а там
А то щас устанавливаю dplyr, а там
Error: package ‘generics’ was installed before R 4.0.0: please re-install itG
Кто то обновил R до верси 4.0 на кластере, теперь мне нужно переустановить все пакеты - есть какой то норм способ?
А то щас устанавливаю dplyr, а там
А то щас устанавливаю dplyr, а там
Error: package ‘generics’ was installed before R 4.0.0: please re-install itу нас еще и прокси супер кривой, я пакеты руками скачиваю со всеми депенденсями в архивах
SK
10\10
SK
там нет что ли флага (да, переустанови все что надо)