я, честно говоря, понятия не имею про торрент (про иллюмину буквально завтра выйдет наш новый препринт)
но, что важно понимать
есть два класса задач
1) медицинские - поиск варианта отвечающего за наследуемое заболевание
2) анализ выборки - *WAS, аллельные частоты, и тд
для первого надо проверить качество выравнивания, после чего брать по максимуму вариантов (ДО всех фильтров) и аннотировать. Т.е. фильтры это хорошо но пропустить опаснее. Если есть заведомые кандидаты перепроверять Сэнгером.
для второго надо тн. когортное генотипирование. без него будет точно хуже, вне зависимости от платформы
