берешь среднее по одному из измерений - делаешь fft - берешь то что из не того диапазона частот - делаешь обратное преобразование - вычитаешь - переходишь к след координате не сработает?
Хотя блин ты можешь эмпирически и экспериментально сделать: берешь например и убираешь в своем "прямоугольнике" область, делаешь обратное преобразование и смотришь на 1d-fft что выкинулось по частотам, сможешь догадаться как там что работает)
выше Евгений ответ дал уже. Я доки питоновские не смотрел но скорее всего там написано то отображается и вместе с матчастью можно быстро понять как вытащить частоту