Может и предъявит, но вроде после долгих переписок мирно разошлись с условием, что я останусь у них клиентом

Коллеги, кто-нибудь напылял парилен? Есть несколько вопросов

Снова я с геномами, есть:
1 - геном организма
2 - семейство белков, которое меня интересует

Я хочу найти, есть ли в геноме организма гены, кодирующие гомологи из интересующего семейства. Звучит просто.
Но подобных белков известно около трех тысяч допустим, по всем организмам.
Соответственно бластить тут надо 3000 тыщи последовательностей на 1 геном. Явно не перебором это делается, не могли бы спецы по это теме подсказать, куда именно гуглить.
Бластить консесус тоже не вариант, внутри этих 3000 белков сиквенсы и длины генов очень сильно расходятся. Есть какие-то стандартные подходы для таких задач? Нагуглить пока не удалось, видимо не те ключевые слова приходят в голову.

А в чем проблема пробластить все 3000? Это быстро

Я подумал, что это как-то топорно и делается умнее, но как именно, в голову не пришло) Если это норм, то в целом не проблема

По-моему, норм

Ортогруппы постройте. Что попадает в ортогруппы с интересующими вас генами, то и есть то, что вам нужно (ну, в первом приближении).

спасибо, посмотрю че это такое

Да ну, зачем. Бласта хватит для первого приближения. Или хаммера

если у генома есть аннотации или транскрипты, то как вариант найти ортологи через reciprocal blast

Возьмите HMM интересующего семейства из Pfam и запустите hmmer.

А если в pfam нет, то можете сами построить HMM с помощью того же hmmer из известных последовательностей. Возможно, стоит отобрать последовательности только близких к вашему организму таксонов.

ну если бласт однонаправленный, то нахватает много мусора, а если bidi и брать лучшие хиты, то можно потерять часть генов, если были недавние дупликации

ну может это мои чисто растительные заморочки, там такого много

спасибо всем кто ответил, очень полезно получилось, про hmm забыл совсем, недавно рибосомные гены так искал

Но вообще, ты бы задачу конкретизировал. А то сейчас тебе насоветуют пайплайнов

рузья, привет!

Ищем большую группу новых коллег на большой проект по работе с клеточными банками и биотехнологическими процессами процессами:
• Проведение процессов культивирования и вспомогательных операций, таких как стерилизующая фильтрация, автоклавирование.
• Асептическая работа с культурами клеток, работа с производственным оборудованием и ПО.
• Ведение документации.

Требования к кандидатам:
• Высшее профессиональное (химическое, биотехнологическое, биохимическое, биологическое, фармацевтическое, химико-технологическое) образование;
• знание теоретических основ технологии рекомбинантной вирусных векторов, клеточного метаболизма эукариотических клеточных культур;
• знание теоретического и практического подхода к масштабированию процесса культивирования;
• знание принципов и нормативов аттестации банков клеток и банков вирусов

Условия:
• Расположение - Москва
• Конкурентные условия оплаты труда: оклад + премия.
• Оформление в соответствии ТК РФ.

Если интересно - пишите мне, прикрепляйте резюме, и далее наши сотрудники свяжутся с вами и обсудят подробности

Cheers!

Привет. Я Аня. Учусь на психолога)