хочу красивые ленточки на спиралях и шитах, подгружаю пдф файл с нарезкой белков, а никакой вторичной структуры не отображается

Я так понимаю, что вообще софт для визуализации берет эту инфу в заголовках pdb файла

но тут то ли разметка отступает от стандарта, то ли записано не так/не то...
Говорят, VMD это рисует как надо. В чём разница?

В PyMol можно изнутри вызвать dssp и по нему пересчитать, либо если цель только интересный визуал, то тип отображения для cartoon можно настроить для каждого остатка. Ну и другие атрибуты, ширину лент там и проч. К сожалению, не слышал никогда про DS Visualizer, не подскажу по нему

Я не использовал tuckey hsd раньше, но быстрое гугление показывает, что этот тест используют для попарных сравнений нескольких групп.

Н-р, если у вас было 5 терапией и потом вы хотите сравнить A и Б, А и В, А и Г, Б и В и так далее.

В вашем случае, как я понял другая задача: нужно выбрать лучшую фичу из нескольких. Для начала хотелось бы понять, что у вас в качестве предиктора используется, а то вы так резко хи-квадрат хотите использовать :)

можно использовать разные поправки на множественные сравнения, основная логика: сначала получаете серию p-value (т.е. стоите НЕСКОЛЬКО моделей, н-р для каждого предиктора отдельно либо суете все в одну модель, и берете pvalue отдельно для каждого предиктора), потом делаете поправку любым из способов (да хоть Бонферрони, но он слишком консервативный).
Затем после поправки будет видно, какие кредиторы остались значимыми. Сравнивать результаты по размеру p-value особо смысла нет. Т.е. если для одного предиктора оказалось 0.123, а для другого 0.789, то нельзя говорить, что 0.123 лучше. Все равно они оба получились незначимыми

@lamallama тут по ходу дела бот сломался

Спасибо за ответ :) по поводу предиктора. формат данных такой

 
|cluster| gene1|gene2|gene3...
|A          | 45    |1          | 0
|B          | 4      | 33       | 0
|C          | 5      | 3         | 0

это contingency table на основании частот возникновений мутаций в генах

я считала хи-квадрат попарно для cluster ~ gene1; cluster ~gene2, и по идее потом надо применять пост-хок тесты. Я получила набор p-value для попарных сравнений, теперь на этом векторе можно применить tukeyHSD(другой постхок)?

Теперь понятнее. Я лично с такими задачами не сталкивался, но она наверняка в каких-то учебниках по биоинфе должна быть описана, выглядит достаточно просто.

 > я считала хи-квадрат попарно для cluster ~ gene1; cluster ~gene2 

Да, тут вроде все верно

 > Я получила набор p-value для попарных сравнений 

- для попарных сравнений между чем и чем?

Я так понял, вам надо для каждого geneX посчитать ОДНО p-value. Оно будет означать, есть ли вообще разница между частотами мутаций для разных кластеров.

Потом эту серию pvalue нужно будет загнять в любой из пост-хок тестов. Количество pvalue у вас по идее должно равняться числу генов

Посмотрите доки для p.adjust
https://www.rdocumentation.org/packages/stats/versions/3.6.2/topics/p.adjust

Бонферрони только не надо выбирать, т.к. у него тупо the p-values are multiplied by the number of comparisons. При большом числе повторных измерений почти всё может перестать быть значимым

Н-р можно выбрать holm или hochberg.
Но вообще лучше учебник почитать, если есть такая возможность.

вот простенькая статья с примерами, как делать поправки
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6099145/

спасибо!

Подскажите, пожалуйста, есть ли где возможность почитать тексты грантов в NIH? Гугл мне пока не дал ответа, нашёл только абстракты

Download August 2021 new releases including the latest Special Issues on novel insights into the responses of the plant microbiome to abiotic factors, new perspectives on the value of food loss and waste, the impact of improved animal welfare on farm animal productivity, recent advances in silk science and technology, brain imaging methods Editor’s Pick 2021 and many more!

🌐 All eBooks you can find here, they are free to download, share and distribute!)

#eBook #книги #Frontiers

Так, ну тут такое постить зашквар. Ладно бы еще УГ, но агитку от собянина?
@lamallama призываю

какие именно, K, R, P и для чего?

R предпочтительнее. Чтобы посмотреть на real world examples

чем это не подходит? https://www.niaid.nih.gov/grants-contracts/sample-applications
там полные заявки с замазанными персональными данными

Всем привет! У нас тут (в Бластиме) обзор зарплат в биотехе вышел. Есть открытая версия с общими данными, а есть платная дополненная, где статистика уже более детальная по направлениям работы. Можно хвалить, ругать и предлагать:3

https://agency.blastim.ru/openresearchjob

я прогнал PDB через онлайн-сервер и получил DSSP файл, спасибо за подсказку. Теперь интересно, чем обновить исходный pdb файл )

Какие грустные числа :(