К недавним обсуждениям MDPI
Месяц рецензировали наш обзор. Сегодня пришли рецензии и я, кажется, поняла почему. Они откопали аж четырёх рецензентов!
И все рецензии оч подробные и полезные. Кайф

Да, спасибо!

Для них это норма. Я как то ревью задержал, так они прислали сообщение « не извольте беспокоиться» остальные три ревьюера уже ответили :)

Поздравляю, это реально круто!

Чёт ржу

Я с не очень умным вопросом
Скажите, насколько сложно из экселевской таблицы сделать  searchable WEB-based database?
И есть ли какие-то магические тулзы для этого, которыми можно пользоваться даже если ты не умеешь в кодинг ваще
Или проще эту задачу отдать на аутсорс?

а что конкретно нужно? зависит, наверное, от функционала.
Помню тут обсуждались ребята, которые свою базу в виде google sheet и оставили.

Сам я просто вот прямо сейчас похожую задачу решаю. Ну мне хватило дня, чтобы разобраться в shiny и написать на нем простую веб-морду. Но я немного знал r и раньше

Если нужно, чтобы просто доступна была из веба полностью - это одно. Если из какой-то конкретный функционал - это другое. Что именно нужно?

Чтобы была доступна, и дополняема после одобрения админом, вероятно.
Google sheet идеально подходит для этих целей, но как-то наверное некрасиво в статью ссылку на Гугл таблицу, а не на какой-то отдельный ресурс оставлять

Может меня поправят, но многие как могут, так и делают. Google sheet для этого отлично подойдёт. Из известных мне инструментов. Если ты хочешь что-нибудь красивенькое и нормально работающее, то нужно время+деньги+люди. Не готов ответить, сколько.

ну вот у людей прокатывало с google sheets
я бы реально предложил на шайни отдельную веб-морду написать самой, если есть хотя бы опыт рисования графиков, либо отдать сделать студенту какому-нибудь.

Спасибо, ребята :-)

Всем привет!
WIP. Отображение вторичной структуры белка. stride+houdini. Чёрное - атомы углерода из основной полипептидной цепи. Я работаю в houdini. Там нет возможности посмотреть вторичную структуру. Поэтому нужно нарисовать её самому.

Как вам? Пожелания, комментарии.

Я чисто с программистской точки зрения выкрадывал бы ещё где-то файл и давал в статье ссылку с указанной контрольной суммой файла

Выглядит вполне ничего

Но вроде же из pymol можно выгружать прямо полигоны. Я помню на 2 курсе баловался, закидывал экспорт паймола в блендер. Сейчас же есть прямо bioblender и unitymol и еще всякое, так что даже не надо прогонять через паймол, можно сразу грузить в 3д редактор

Спасибо! Можно, да! Вы правы. Я работал с траекторией от МД. И экспорт одного фрейма белка занимал 100мб. Одна минута анимации  весила после экспорта 150гб (100х25(фпс)х60(сек)). И тогда я подумал, что нужно сделать самому. Плюс гибкость в цветах и формах.

Что-то очень жирные файлы. Вы тут имеете в виду фрейм как структуру белка? Тогда получается, что вы полную систему в pdb экспортируете пофреймно? Чаще работают с траекториями в бинарных форматах, и для pymol и других редакторов это сильно облегчает жизнь. Вы один раз загружаете структуру - число атомов, их идентичности, в какие остатки входят - а затем грузите траекторию просто как матрицу координат. Если же грузить траекторию как набор pdb файлов, то у вас на каждый фрейм каждый атом со всей его метадатой задается заново.
Гибкость в цветах есть и в pymol, но да, на лету делать морфинг формы не получится

Либо вы имеете в виду, что PNG одного фрейма на выходе весит 100 мб? Тогда вам надо бы поджать разрешение

Файл тучный из-за экспорта в виде а-спиралей, b-листов и т.д. Если экспортировать облако атомов - то файл ничего не весит. Я говорю про геометрию. Не про изображение(png).

Все, понял! Да, тогда файлы большеваты, сейчас посмотрел на одном своём объекте, 15 мб на ровном месте. Тогда могу лишь предположить попробовать реализовать вашу идею в bioblender или unitymol. Ну либо написать для Houdini плагин)) который будет внутри прогонять dssp а потом пользоваться выдачей, чтобы строить геометрию автоматически, внутри, а не грузить ее для каждого фрейма.